Los orígenes de esta Hermandad se remontan a 1619 según podemos corroborar en las actas de constitución de 1794 en las cuales el arzobispo de Granada Don Felipe de Tarsis afirma “que la creación de la misma se origino en el Mesón de Arroyo o Barrio de Santo Domingo” en lo que hoy es la entrada a la ciudad por la carretera antigua de Málaga.
En estas mismas actas se puede constatar que la hermandad se traslado a la Ermita de San Roque, situada en la parta alta de la ciudad, desde donde saldría en procesión los viernes santos por la mañana, hecho que se mantendrá hasta que tengan fin las obras de construcción de la nueva ermita de Nuestro Padre Jesús Nazareno que se estaban realizando desde 1695, tras la concesión de licencia por el cabildo municipal el 26 de agosto.
Por fin un 27 de Septiembre de 1705 se inaugura la ermita de Jesús trasladándose la venerada imagen desde San Roque a la del Mesón de Arroyo, al mismo tiempo que se unía a esta la cofradía de la Crianza de los Niños Expósitos.
Pronto se hace notar el fuerte arraigo que está imagen tiene en el pueblo lojeño, teniendo en cuenta que la construcción de la ermita así como de la creación del retablo de formas barrocas serán sufragadas por los lojeños con festejos de carácter taurino (1715).
El fervor que consigue Nuestro Padre Jesús Nazareno, llamado cariñosamente por los lojeños “El Abuelo”, se comentaba que con el paso de años su rostro envejecía, no pasa desapercibido para el arzobispo de Granada que organizará una procesión el 6 de Mayo de 1825 para implorar por la larga sequía que diezma las cosechas de los campos. Concediendo posteriormente el Sr. Arzobispo 200 días de indulgencia a todos los cofrades asistente. Datos que nos llegan del libro de Actas de 1925 en la que también se acordó repartir un manifiesto al pueblo cuyo texto copiado literal es como sigue:
Lojeños, por iniciativa de nuestro digno prelado eminentísimo Sr. Cardenal Arzobispo de esta Archidiócesis y para implorar de Nuestro Padre Jesús Nazareno remedio a la larga sequía que diezma las cosechas de estos campos, hoy a las seis de la tarde será sacado en solemne procesión su imagen que tanto veneramos.
Sabe está hermandad, que todo el pueblo de Loja acudirá a rendir homenaje a nuestro Abuelo seguro de que conseguirás de su misericordia divina lo que le suplican y por esta circular quedan todos invitados a acto tan solemne y espera que los vecinos del itinerario engalanen su fachada.
Lojeños ¡Viva Jesús Nazareno!
Otra muestra de fe hacia la imagen se hace ver en los inventarios de la Hermandad de 1870 y 1900 en los cuales se aprecia como se pasa de 739 milagros de plata a 2025 de plata y uno de oro.
Pero ese pueblo que lo amó lo llevará en 1936 al fuego destruyendo junto a la sagrada imagen, cuadros, retablos, joyas, exvotos, vestimentas y cuantos enseres había, todo arruinado a las puertas de su capilla.
El Diez de Diciembre de mil novecientos treinta y nueve Don Francisco González Jiménez en calidad de presidente de la Hermandad encargara en los talleres del escultor sevillano D. Antonio Castillo Lastrucci la construcción de la actual imagen de Jesús que sustituirá con la misma exaltación el cariño que se tenía por el Abuelo, muestra de ello es la gran expectación que el Viernes Santo 3 de Abril de 1942 se generó para ver a Jesús, quedando patente en las tasas de “los pediores” que recaudaran la nada despreciable cifra , en aquella época, de 4500 pesetas.
Lo que también hace especial a esta cofradía son las distintas concordias que la forman: Apóstoles, cubren sus caras con unos rostrillos donde llevan escrito el nombre de cada uno de ellos, acompañan a Jesús en su recorrido y que intervenían en el acto litúrgico del lavatorio de pies de la homilía del Jueves Santo. Armaos o guardia romana con su tambor al frente (Tio Puche-Puche) que se encargaran de acompañar a los Apóstoles al lavatorio y de escoltar el Viernes al Nazareno. Los Pediores provistos de una taza de plata con las insignias de la hermandad hormiguean entre la gente que presencia las procesiones solicitando por medio de un pregón semicantado a voz la aportación de los lojeños y visitantes. Incensarios, creados en esta hermandad en 1976, son una referencia en la Semana Santa lojeña, que con sus movimientos, cantos y atuendo inciensan a las imágenes durante su recorrido.
La música el Viernes Santo es otra pieza importante que le da solemnidad durante todo el día mediante el toque del Miserere, obra del maestro Cava de principios del siglo XIX, a cargo sólo de los vientos que componen la Banda Municipal de Loja que posee una peculiaridad en su toque que los hace totalmente diferente al que se hace normalmente.
Por ultimo no debemos dejar de pronunciar que estos hechos históricos, junto a los de las demás hermandades que forman la Semana Mayor de Loja, han debido de influenciar para que la Conserjería de Turismo de la Junta de Andalucía la declare “Fiesta de Interés Turístico de Andalucia” en Septiembre 2003